KRISTLIKU KASVATUSE PROGRAMM, mis on praegu kasutusel Vanalinna Hariduskolleegiumis ja Püha Miikaeli Koolis, läbib kõiki vanuseastmeid: algklassides on iganädalane usuõpetuse tund, põhikoolis on kristlik kasvatus integreeritud klassijuhataja ning inimeseõpetuse tundidesse ning gümnaasiumis sotsiaaleetika, religiooniõpetuse, moraaliteoloogia ning perekonnaõpetuse kursustesse. Kristliku kasvatuse programm on tugevalt seotud muusika- ja kunstiprogrammiga, mille kaudu õpilaste kokkupuude kristliku kultuuripärandi rikkusega on eriti tugev. Õppeaastale annab struktuuri kirikukalender. Suuremaid pühi tähistab koolipere kirikuteenistustega.
Iseloomu vooruspõhine kasvatamine ja südametunnistuse kujundamine on kristliku kasvatuse põhiülesanded koolis. Tänases ühiskonnas otsustatakse selle üle, kas mõni tegu on hea või halb sageli üksnes populaarsetest ja subjektiivsetest hoiakutest lähtuvalt. Mõttelaad „tee, mis tahad, niikaua, kui keegi haiget ei saa“ mõjutab ka juba väljakujunenud täiskasvanute südame-tunnistust. Alles kujunemisjärgus laste südametunnistusele võivad selliste hoiakute juurdumisel olla valusad tagajärjed. Pühakute eeskuju, kümme käsku ning õpetus õndsakskiitmistest aitavad mõtestada oma valikuid objektiivse hüve, tõe ja armastuse valguses. Põhimõtted, mis korralda-sid inimeste elu juba Vana Testamendi ajal sisalduvad kümnes käsus. Uues Testamendis ehitub Jeesuse õpetuse ja lunastustöö kaudu sellele vundamendile uus mõõde, mille abil saame kujundada enda ja oma lähedaste elu õnnelikuks ning teha seda vabalt.
Miikaeli Ühenduses välja töötatud algkooli usuõpetuse programm toetub õde Mary materjalidele.
I klassis püüame aidata lastel avastada Jumala armastuse suurust Tema loodud maailma imelisuse kaudu. Lapsed näevad Jumala headuse peegeldust loodus, iseenda unikaalsuses ja ümbritsevate inimeste armastuses. See aitab lastel tajuda ennast kristliku perekonna ainulaadse liikmena. Õpiharjumuste kujundamisel on kristliku kasvatuse programmis oluline osa. Algklassides järgivad tunnid kindla distsipliini põhimõtteid.
II klassis tutvustame lastele Jeesus Kristuse elu ja õpetust, milles peitub kogu maailma lunastuse sõnum. II klass on traditsiooniliselt ka jõulumüsteeriumi – Kristuse sünniloo esitajateks kooli jõuluteenistusel.
III klassi kristliku kasvatuse tundides keskendutakse usutunnistuse (kreedo) tundmaõppimisele, milles on kokku võetud kristlaste usu põhitõed Jumal Isa, Poja ja Püha Vaimu kohta. Kolmainsus on haaramatu müsteerium, mis kujustab individuaalsuse: iga isik on teisest erinev. Aga see on ka ühtsuse eeskuju, sest kolm isikut on ühendatud ühes Jumalas. Kolmainsus kogukonna kujundina väljendab, et võrdsed isikud on ühendatud harmoonilises armastuses.
IV klassis keskendutakse moraaliõpetusele. Tundides süvenetakse ükshaaval kümnesse käsku ning tutvutakse õndsakskiitmistega Mäejutlusest eesmärgiga aidata lastel kujundada tundlik südametunnistus. Nüüdseks on lapsed teadlikud, et neil on vastutus oma südametunnistust vormida ja oma valikuid suunata.
Teemade lihtsamaks mõtestamiseks tutvuvad lapsed erinevate lugude ning oluliste tegelastega Vanast ja Uuest Testamendist – Aabraham, Mooses, kuningas Taavet, Püha Paulus, apostlid jt.